Les algues ont été regroupées en 4 grandes classes par les scientifiques taxonomistes en fonction de la couleur et donc de la natures des pigments qu’elles contiennent : algues bleues, algues vertes, algues brunes et algues rouges. Toutes contiennent de la chlorophylle, pigment vert présent dans les plantes supérieures, mais s’y ajoutent chez les algues bleues des phycobiliprotéines
(pigment bleu), des xanthophylles, pigments bruns pour les algues brunes et des phycoélythines chez les algues rouges.
Le choix du pigment comme critère de classification n’est pas l’acte d’un peintre ou d’un poète :les pigments chez les végétaux jouent un rôle essentiel dans la transformation de l’énergie des photons de la lumière en énergie chimique (transfert d’électrons) nécessaire au bon fonctionnement des réactions chimiques de la plante.
   
Chez les végétaux supérieurs, le pigment vert qu’est la chlorophylle joue principalement ce rôle essentiel à la vie. Chez les algues, d’autres familles de pigments « épaulent » la chlorophylle dans ce rôle indispensable et prédestinent les réactions biochimiques des différentes espèces.